El ayuno normalmente afecta al cuerpo físico en varias formas. Algunos pueden experimentar debilidad, cansancio, dolores de cabeza, nauseas, dolores de estómago, y demás. Si alguno tiene el hábito de tomar café, té u otras bebidas con cafeína, algunos síntomas pueden aparecer por la falta de cafeína. En tales casos, es sabio que estas personas eliminen esas bebidas algunos días antes de que empiecen el ayuno. Si una persona ayuna con cierta regularidad, descubrirá que su ayuno se hará más fácil progresivamente, aunque usualmente experimentará cierta debilidad.
Se debe tomar suficiente agua pura durante el ayuno para evitar la deshidratación.
El ayuno debe terminarse con cuidado y lentamente, y entre más largo sea el ayuno, más cuidado hay que tener a la hora de terminarlo. Si el estómago de una persona no ha digerido alimentos sólidos por tres días, no sería sabio que esta persona terminara el ayuno comiendo alimentos difíciles de digerir. Debe comenzar con alimentos que son fáciles de digerir y jugos de frutas. Los ayunos largos le toman más tiempo al sistema digestivo para ajustarse a comer otra vez, pero al ayunar tan solo una o dos comidas al día, no requerirá de un tiempo de recuperación.
Algunos creen que el ayunar moderada y cuidadosamente en realidad es un medio de promover la buena salud para nuestros cuerpos, y yo así lo creo, luego de escuchar que varias personas se sanaron después de ayunar. Se cree que el ayuno es una manera de limpiar y dejar descansar al cuerpo. Quizá sea por eso que el primer ayuno es el más difícil de llevar a cabo. Aquellos que nunca han ayunado son los que probablemente necesiten una limpieza física interna mayor.
El hambre física durante un ayuno usualmente cesará en dos o cuatro días. Cuando el hambre retorna, luego de algunas semanas, esa es la señal para terminar el ayuno cuidadosamente, ya que esa es la señal de inanición, cuando el cuerpo ya ha utilizado su grasa acumulada y está ahora usando células esenciales. La escritura nos dice que Jesús tuvo hambre luego de cuarenta días de ayuno, y ahí terminó su ayuno (ver Mateo 4:2).